- 100% activity in rCutSmart™ Buffer (over 210 enzymes are available in the same buffer) allowing for easier double digests
- Specificity to epigenetically-relevant DNA modifications (5-mC and 5-hmC)
- Restriction Enzyme Cut Site: CNNR(9/13)
MspJI 是一款经 EpiMark® 验证过的产品。它是一种修饰依赖型核酸内切酶，可以识别 mCNNR 位点并能在修饰的胞嘧啶 3´ 一侧 N9/N13 处酶切双链 DNA。能被识别的胞嘧啶修饰包括 C5-甲基化胞嘧啶（5-mC）和 C5-羟甲基化胞嘧啶（5-hmC）（1）。
此酶配有酶激活溶液，可用于 MspJI 的高效酶切。
在真核生物有机体中发现的最常见表观遗传学修饰为 CpG 或 CHG 位点处的甲基化标记。这些修饰位点的一部分由 MspJI 识别并酶切。
在完全甲基化的 CpG 位点处：
5´ . . . Y N mC G N R . . . 3´
3´ . . . R N G mC N Y . . . 5´
或 CHG 位点处：
5´ . . . Y mC H G R . . . 3´
3´ . . . R G D mC Y . . . 5´
R = A 或 G
Y = C 或 T
H = A 或 C 或 T（非 G）
D = A 或 G 或 T（非 C）
MspJI 单独识别每个半甲基化位点并进行双向酶切，以分别生成 32 碱基或 31 碱基的片段。这些片段包含甲基化中心位点，并在各个末端具有 4 碱基 5´ 突出末端。MspJI 不会对未修饰的 DNA 进行酶切。
产品来源
大肠杆菌菌株，携带有克隆自分枝杆菌（
Mycobacterium）属 JLS 菌株的 MspJI 基因。
- 特性和用法
单位定义
一个单位是指在 50 µl 的总反应体系中，37℃ 条件下，1 小时内酶切 1 µg pBR322（dcm+）DNA 所需的酶量。
反应条件
1X rCutSmart™ 缓冲液
Supplement with 1X 酶激活溶液
Incubate at 37℃
1X rCutSmart™ 缓冲液
50 mM Potassium Acetate
20 mM Tris-acetate
10 mM Magnesium Acetate
100 µg/ml Recombinant Albumin
(pH 7.9 @ 25℃)
在不同缓冲液中的活性
NEBuffer™ r1.1: <10%
NEBuffer™ r2.1: <10%
NEBuffer™ r3.1: <10%
rCutSmart™ Buffer: 100%稀释兼容性
贮存溶液
10 mM Tris-HCl
300 mM NaCl
1 mM DTT
0.1 mM EDTA
500 µg/ml BSA
50% Glycerol
pH 7.4 @ 25℃
热失活
65℃ for 20 minutes
甲基化敏感性
dam 甲基化: 不敏感
dcm 甲基化: 不敏感
CpG甲基化: 不敏感
- 注意事项
- 此酶已被用于表观遗传学分析，分析显示，在两条链中均含有甲基化的 CpG 位点的目标 DNA 可被 MspJI 酶切，以生成包含甲基化 CpG 位点的 32 bp 片段。可对获得的 32 bp 片段进行测序，以揭示 5-mC 修饰位点（Cohen-Karni et al.,（2011）PNAS 108: 11040-11045）。
- 过量使用酶会抑制酶切。您需要优化每种底物 DNA 进行完全酶切所需的酶量。
- 延长酶切时间、酶浓度或活化剂浓度高或甘油浓度 > 5% 等非理想的反应条件下可能出现星号活性，包括非甲基化 DNA 底物的酶切。为实现高效的专一性酶切，同时避免产生星号活性，您需要优化每种底物 DNA 所需的酶量。
- 可通过以下方式实现 5-mC 位点的**特异性酶切，在 1X 酶激活溶液中，将 MspJI 与 5-mC 识别位点的摩尔比介于 0.1:1 到 1:1 之间，酶切时间不超过 60 分钟。（MspJI 的摩尔浓度约为 7.4 μM）。
- 对 CpG、dcm 或 dam 甲基化均不敏感。
- 延时酶切、高浓度酶或 >5% 的甘油浓度可能产生星号活性
- 参考文献
- Zheng, Y. et al. (2010). Nucl. Acids Res. doi:10, 1093/nar/gkq327.
- U.S. Publication No. 2010-0167942 Unpublished observation
- Cohen-Karni D et al. (2011). The MspJI family of modification dependent restriction endonucleases for epigenetic studies.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. Jul 5;108(27):, 11040-5.
